Lorsque la guerre est déclenchée le 1er septembre 1939, les habitants de la région situés près des zones frontières sont évacués vers le Sud-ouest de la France.
A partir du 2 septembre, 374 000 Alsaciens quittent leurs maisons.
Le 22 juin 1940, lors de l'armistice, la convention ne parle pas de l’Alsace-Lorraine. Le 28 juin Hitler parcourt Alsace et annonce qu’elle est incorporée au Reich.
Fin juillet 1940, Alsace est annexée de fait à l'Allemagne. Désormais sous administration allemande, elle fait partie de la région administrative du Rhin supérieur avec le pays de Bade. Elle est dirigée par des fonctionnaires venus d'Allemagne.
La région est soumise aux lois nazies et la germanisation est rapide et immédiate. Les nazis manifestent une volonté d’effacer toute identité française mais aussi alsacienne. Le dialecte alsacien est interdit, tout comme le français, au profit de l’allemand. La population alsacienne est totalement surveillée et encadrée. Plus de la moitié des Alsaciens sont contraints d’adhérer à une organisation nazie. Le risque d'un internement au camp de Schirmeck plane sur la vie quotidienne de chacun. Le fait de parler français en public entraîne un internement de plusieurs mois au camp de Schirmeck où les conditions de vie sont très difficiles. Si les fonctionnaires alsaciens veulent conserver leur emploi, ils doivent signer une déclaration de fidélité au Reich et à son Führer. Les Alsaciens doivent également faire le salut hitlérien. Les nazis sont omniprésents.
A partir du 25 août 1942, les jeunes gens sont incorporés de force dans la Wehrmacht et envoyés majoritairement sur le front russe. Pour Robert Wagner, le gauleiter, « c’est l’ultime étape du processus d’intégration de l’Alsace au 3ème Reich l’occasion pour les Alsaciens de prouver leur attachement au Reich ».
Certains Alsaciens ont refusé l’ordre nazi, ils ont organisé la résistance aux nazis, au péril de leur vie, certains ont été déportés au Struthof, d’autres fusillés ou morts sous la torture. Une petite minorité a collaboré et la grande majorité a refusé de s’engager
La libération de la région débute en novembre 1944 mais l’Alsace n’est entièrement libérée qu’en mars 1945.